El sistema MiSeq facilita su investigación con una amplia gama de aplicaciones de secuenciación. Es capaz de realizar lecturas automatizadas de hasta 15 Gb por corrida de secuenciación, entregando más de 600 bases de datos de secuencia por lectura. Los kits de preparación de la biblioteca que utiliza están optimizados para una variedad de aplicaciones, incluyendo secuenciación de genes específicos, genoma pequeño y secuenciación de amplicones, metagenómica 16S y más